พ.ศ 2441 ศาลเมืองจันทบุรีได้ยกฐานะขึ้นเป็นศาลมณฑลจันทบุรี

พ.ศ. 2442 รัฐบาลได้สร้างศาลารัฐบาลขึ้น และกระทราวมหาดไทย โดยพระยาวิชยาธิบดี ผู้สำเร็จราชการเมือง ได้ยกอาคารหลังหนึ่งให้เป็นที่ทำการของศาล อาคารศาลหลังนี้ฝาทำด้วยไม้กระยาเลย หลังคาสังกะสี ปลูกเป็นแถวเดียวกันกับสถานที่ตั้งของอาคารฝ่ายมหาดไทย

พ.ศ. 2455 เจ้าพระยาอภัยราชามหายุติธรรมธร เสนาบดีกระทรวงยุติธรรมได้มีความคิดที่จะสร้างอาคารศาลมณฑลจันทบุรีขึ้นใหม่ กำหนดสร้างให้แล้วเสร็จใน 10 เดือน ลักษณะของศาลเป็นตึกก่ออิฐฉาบปูนชั้นเดียว หลังคามุงกระเบื้องแบบโบราณ มีห้องพิจารณาขนาดมาตรฐานเพียง 1 ห้อง ห้องเสมือนพนักงานกั้นแบ่งจากห้องพิจารณาใหญ่ มีหน้าบรรณเป็นรูปครุฑ ลักษณะคล้ายโบสถ์ฝรั่ง ทำพิธีเปิดเมื่อวันที่ 19 พฤศจิกายน พ.ศ. 2457 เมื่อเปิดแล้ว ทางกระทรวงยุติธรรมจึงได้คืนอาคารหลังเก่าให้เป็นส่วนหนึ่งของที่ทำการศาลารัฐบาลมณฑลจันทบุรี

พ.ศ 2475 ทางราชการได้มีการจัดวางระเบียบการปกครองขึ้นใหม่ ศาลมณฑลจังหวัดจันทบุรีจึงถูกยุบเป็นศาลจังหวัดจันทบุรี นับตั้งแต่วันที่ ๑ เมษายน ๒๔๗๕

พ.ศ. 2510 ทางกระทรวงยุติธรรมเห็นว่า อาคารศาลจังหวัดจันทบุรีมีสภาพทรุดโทรม กระทรวงยุติธรรมจึงคำสั่งให้ดำเนินการก่อสร้างอาคารศาลจังหวัดจันทบุรี พร้อมกับที่ทำการของศาลจังหวัดสมุทรสาคร ศาลจังหวัดเพชรบุรี และศาลจังหวัดนครราชสีมา

อาคารศาลหลังใหม่ เป็นตึก 2 ชั้น ขนาด 6 บัลลังก์ หลังคาทรงไทย สร้างในที่ดินที่รื้อจากอาคารหลังเก่าตามแบบแปลนของกรมโยธาเทศบาล กำหนดสร้างแล้วเสร็จในวันที่ 25 ธันวาคม พ.ศ. 2510 และได้ทำพิธีวางศิลาฤกษ์ เมื่อวันที่ 18 พฤษภาคม พ.ศ. 2510

เมื่อวันที่ 19 เมษายน พ.ศ. 2511 ได้ทำพิธีเปิดทำการอาคารศาลหลังใหม่และสถิตสถาพรมาจนกระทั่งทุกวันนี้